原位杂交（In situ hybridization，ISH）是一种在细胞或组织水平上对特定核酸序列进行定位和检测的分子生物学技术。自其诞生以来，原位杂交技术在基因表达分析、染色体分析、病原体检测等众多领域发挥了不可替代的作用。对于博士阶段的研究人员而言，深入理解原位杂交技术的核心要点和多元应用，不仅有助于推动学术研究的进展，还能为解决复杂的科学问题提供有力工具。随着现代生命科学研究向着微观和精准化方向发展，原位杂交技术不断革新和拓展，其在揭示基因功能、疾病诊断和发病机制研究等方面的潜力日益凸显。
原位杂交技术基于核酸分子的碱基互补配对原则。标记的核酸探针（可以是 DNA、RNA 或寡核苷酸）与组织或细胞内待检测的靶核酸（DNA 或 RNA）在原位进行特异性杂交，形成杂交体。然后通过检测标记物来确定靶核酸的位置和表达水平。
核酸探针是原位杂交技术的关键要素。根据其来源和性质可分为多种类型，如基因组 DNA 探针、cDNA 探针、RNA 探针和寡核苷酸探针。
基因组 DNA 探针
通常是从基因组文库中筛选出来的，包含了特定基因的全部或部分序列。其优点是特异性高，但可能存在与非靶序列的交叉杂交。
cDNA 探针
由反转录合成的互补 DNA 构成，反映了基因的编码序列，在检测基因表达方面有较好的应用，尤其是在 mRNA 水平的检测。
RNA 探针
也称为核糖探针，具有较高的杂交效率和特异性。由于其是单链结构，与靶序列的杂交反应更迅速和稳定，但制备相对复杂，需要特殊的体外转录体系。
寡核苷酸探针
是人工合成的短链核酸，其长度一般在十几到几十个核苷酸。设计灵活，可以针对特定的基因序列进行优化，但特异性可能需要更精细的设计来保证。
标记物用于对探针进行标记，以便于后续的检测。常见的标记物包括放射性同位素（如 ³²P、³H 等）和非放射性标记物（如生物素、荧光素等）。
放射性同位素标记
具有高灵敏度的优点，能检测到低丰度的靶核酸。但存在放射性污染、半衰期限制以及操作复杂等缺点，在现代研究中的应用逐渐减少。
非放射性标记
标记的探针通过与抗体结合，再利用显色反应或荧光检测进行可视化。生物素标记的探针可与亲和素或链霉亲和素结合实现检测。荧光素标记则可直接通过荧光显微镜观察，具有操作简便、安全性高和多色检测的优势。
组织样本
组织取材后需要进行固定，常用的固定剂如甲醛等，其作用是保持组织的形态结构，同时防止核酸的降解。固定时间和温度需要根据组织类型和大小进行优化。固定后的组织需要进行脱水、石蜡包埋或冰冻处理。石蜡包埋组织适合长期保存和切片，但在处理过程中可能会对核酸有一定程度的损伤。冰冻组织则能更好地保持核酸的完整性，但保存条件要求较高。
细胞样本
对于培养的细胞，可以直接在载玻片上进行培养，待细胞达到合适密度后进行固定。或者通过离心收集细胞，涂片后固定。细胞固定的方法与组织类似，但需要注意避免细胞在操作过程中的丢失和损伤。
探针合成
根据需要选择合适类型的探针，如合成寡核苷酸探针可通过化学合成方法，按照设计好的序列进行合成。对于 cDNA 探针和 RNA 探针则需要通过克隆、反转录或体外转录等方法来获得。
标记方法
如果使用放射性同位素标记，如 ³²P 标记的核苷酸可通过酶促反应（如切口平移法、随机引物法等）掺入到探针中。非放射性标记可通过化学修饰的方法将标记物连接到探针上，例如标记的 dUTP 通过酶促反应掺入到新合成的探针链中。
预处理
在杂交之前，需要对样本进行预处理，以增加探针的可及性。对于石蜡切片，需要进行脱蜡、水化处理，然后用蛋白酶 K 消化，使靶核酸暴露。对于细胞涂片或冰冻切片，也需要进行适当的通透处理。
杂交条件
杂交液的组成包括盐离子浓度、缓冲液、甲酰胺等成分，其比例需要根据探针和靶序列的性质进行调整。杂交温度通常在低于探针 - 靶序列解链温度（Tm）20 - 30℃左右。杂交时间根据探针浓度和样本类型而定，一般需要数小时至过夜。
杂交后需要进行洗片，以去除未杂交的探针。洗片的条件包括温度、盐浓度和洗涤时间等。一般采用逐渐降低盐浓度的洗涤液进行多次洗涤，以保证特异性杂交的探针保留，而非特异性结合的探针被去除。
放射性标记探针的检测
对于放射性标记的探针，可通过放射自显影的方法进行检测。将杂交后的样本与 X - 光胶片紧密接触，经过一定时间的曝光后，显影、定影，观察胶片上的黑色斑点，其位置和强度反映了靶核酸的位置和表达水平。
非放射性标记探针的检测
标记的探针可通过与抗体 - 酶（如碱性磷酸酶或辣根过氧化物酶）结合物反应，然后加入相应的显色底物，产生颜色反应进行观察。生物素标记的探针通过与亲和素或链霉亲和素 - 酶结合物反应后显色。荧光素标记的探针可直接在荧光显微镜下观察荧光信号，通过荧光强度和分布来分析靶核酸的情况。同时，利用共聚焦显微镜等先进设备还可以进行三维成像和更精确的定量分析。
探针的特异性、长度和纯度对杂交结果有重要影响。特异性差的探针可能导致非靶序列的杂交，产生假阳性结果。探针长度不合适可能影响杂交效率，过长可能增加非特异性结合，过短则可能降低杂交稳定性。
样本固定不当会导致核酸损伤或丢失，影响杂交效果。组织或细胞的取材过程如果操作不规范，也可能引入杂质或损伤细胞结构，从而干扰杂交信号的准确性。
杂交温度、时间和杂交液成分是关键因素。温度过高或过低都会影响杂交效率和特异性。杂交时间不足可能导致杂交不完整，而时间过长可能增加非特异性结合。杂交液中盐离子浓度、甲酰胺含量等的变化也会改变杂交的严格程度。
洗片不充分会导致背景过高，而过度洗涤可能会洗去特异性杂交的探针，因此需要精确控制洗片的温度、盐浓度和时间等参数。
在发育生物学研究中，原位杂交可用于检测特定基因在胚胎不同发育阶段的表达模式，从而揭示基因在发育过程中的时空表达规律。在肿瘤研究中，可以检测肿瘤相关基因在肿瘤组织和正常组织中的表达差异，为肿瘤的诊断和发病机制研究提供依据。
原位杂交可用于染色体的基因定位、染色体数目和结构异常的检测。例如，荧光原位杂交（FISH）技术可以快速准确地检测染色体易位、缺失、重复等异常，在产前诊断和血液系统疾病诊断中具有重要价值。
在医学诊断中，原位杂交可用于检测病原体的核酸，如病毒（如人乳头瘤病毒、巨细胞病毒等）、细菌（如结核杆菌等）和寄生虫（如疟原虫等）在感染组织或细胞中的存在情况，为疾病的早期诊断和治疗提供支持。
在神经科学领域，原位杂交可用于检测神经递质相关基因在神经元中的表达，研究神经系统的发育、功能和神经退行性疾病的发病机制。
原位杂交技术作为一种强大的分子生物学技术，其核心要点涵盖了从探针设计与制备、样本处理、杂交反应到检测分析等多个环节。通过深入理解和掌握这些要点，并合理优化实验条件，可以获得准确可靠的实验结果。原位杂交技术在基因表达、染色体分析、病原体检测和神经科学等多个领域的广泛应用，为生命科学研究和医学诊断提供了重要手段。随着技术的不断发展，原位杂交技术有望在更多领域发挥更大的作用，为解决复杂的科学问题和人类健康问题提供新的思路和方法。博士阶段的研究人员应充分利用这一技术，推动自身研究的深入开展，为学科发展做出贡献。在未来的研究中，还需要进一步探索原位杂交技术与其他技术的结合，提高其检测的灵敏度、特异性和通量，以满足日益增长的科研和临床需求。
